Analytisch lassen sich drei innerparteiliche Strömungen idealtypisch unterscheiden: eine wirtschaftsliberale (z.B. Bernd Lucke), eine nationalkonservative (z.B. Alexander Gauland) sowie eine völkisch-nationalistische (z.B. Björn Höcke). Der wirtschaftsliberale Flügel gilt als vergleichsweise moderat. Der nationalkonservative Flügel betont stärker die nationale Identität und verbindet diese mit sozialstaatlichen Elementen. Auch der völkisch-nationalistische Flügel befürwortet sozialstaatliche Ansätze, wird jedoch von einer völkisch geprägten Grundhaltung dominiert. Dabei stehen weniger konkrete sozialpolitische Maßnahmen im Vordergrund als vielmehr eine Rhetorik, die die „kleinen Leute” adressiert. Diesen analytischen Kategorien lassen sich nicht alle Personen — insbesondere auch im Zeitverlauf — eindeutig zuordnen. So ist Gauland, der dem nationalkonservativen Flügel zugerechnet wird, einer der Erstunterzeichner der Erfurter Resolution, dem Gründungsdokument des „Flügels” um Höcke und Andreas Kalbitz, und sprach sich gegen den Parteiausschluss Höckes aus.
Die Parteiführung war in der Anfangsphase überwiegend wirtschaftsliberal und eurokritisch geprägt. Vor allem der Volkswirt und Professor Lucke und sein Umfeld ließen die Partei kompetent und seriös erscheinen. Zugleich war die AfD von Beginn an ein „Sammelbecken unterschiedlicher politischer Milieus”. Bereits in der Gründungsphase bot sie „auch Nationalkonservativen, neurechten Kräften und (ehemaligen) Aktivist*innen rechtspopulistischer Kleinstparteien eine Möglichkeit der Betätigung und Einflussnahme.”
Die heterogene Zusammensetzung der Partei führte früh zu Konflikten über deren Ausrichtung. Die Landtagswahlen in Thüringen, Sachsen und Brandenburg im Herbst 2014 zeigten, dass die AfD auch dort erfolgreich sein konnte, wo Landesverbände nicht dem wirtschaftsliberalen Profil Luckes entsprachen. Ihre Wahlerfolge stellten Luckes Führungsanspruch infrage und stärkten die nationalkonservativen und völkischen Kräfte. Zusätzlich verschärften die Proteste der Patriotischen Europäer gegen die Islamisierung des Abendlandes (Pegida) in Dresden die innerparteilichen Spannungen. Mit der im März 2014 gegründeten Patriotischen Plattform formierte sich um Hans-Thomas Tillschneider aus der AfD Sachsen-Anhalt erstmals ein parteinaher, aber organisatorisch unabhängiger Verein, der sich offen gegen „die Herausbildung einer multikulturellen Gesellschaft” positionierte. Im November 2014 rief die Patriotische Plattform öffentlich dazu auf, sich an Pegida zu beteiligen und mit der Bewegung zusammenzuarbeiten. Während der wirtschaftsliberale Flügel um Lucke und Hans-Olaf Henkel eine Distanzierung von der Bewegung forderte, befürworteten Höcke und André Poggenburg eine Annäherung. Auch Frauke Petry sah 2015 „offensichtliche inhaltliche Schnittmengen” mit Pegida, verneinte jedoch einen Schulterschluss.
Der Konflikt um Pegida wurde zu einem Symbol für den grundlegenden Richtungsstreit innerhalb der Partei. Im März 2015 legte das völkische Lager innerhalb der AfD — der „Flügel” —, die Erfurter Resolution vor, um die inhaltliche Ausrichtung der Partei maßgeblich zu beeinflussen. Darin wurde gefordert, die AfD als Bewegung des „Volkes gegen die Gesellschaftsexperimente der letzten Jahrzehnte (Gender-Mainstreaming, Multikulturalismus, Erziehungsbeliebigkeit usf.)” sowie als „Widerstandsbewegung gegen die weitere Aushöhlung der Souveränität und der Identität Deutschlands” zu verstehen. Der Partei wurde vorgeworfen, „sich von bürgerlichen Protestbewegungen ferngehalten und in vorauseilendem Gehorsam sogar distanziert [zu haben], obwohl sich tausende AfD-Mitglieder als Mitdemonstranten oder Sympathisanten” an Pegida beteiligt hätten. Die Erst- und Mitunterzeichner*innen der Erfurter Resolution, darunter auch Alexander Gauland, stammten überwiegend aus ostdeutschen Bundesländern. Besonders stark vertreten waren Thüringen, Sachsen-Anhalt und Brandenburg.
Als Reaktion gründete Lucke im Mai 2015 den Verein Weckruf 2015 mit dem Ziel, die eigene politische Linie durchzusetzen und den innerparteilichen Widerstand gegen die Bestrebungen des „Flügels” zu bündeln. Nach eigenen Angaben wollten rund 4.000 der damals circa 21.000 Parteimitglieder dem Weckruf beitreten. Tatsächlich stieß der Verein in der Partei jedoch auf erhebliche Kritik und wurde „als diktatorisch und parteispaltend” wahrgenommen.
