Die Politikwissenschaftlerin Anna Sophie Heinze beschreibt die JA als „Treiber oder zumindest Spiegelbild der Radikalisierung der AfD”. Ihren Rechtsruck vollzog sie im Sommer 2015 und antizipierte damit die spätere Entwicklung der Gesamtpartei. Nachdem eher moderate Mitglieder im Zuge von Richtungskämpfen sukzessive marginalisiert worden waren, manifestierte sich der Machtwechsel auf dem Bundeskongress im Mai 2015, wenige Wochen bevor Bernd Lucke im Juli 2015 als Sprecher der Mutterpartei abgewählt wurde. Auf dem Kongress wählte die JA neben Sven Tritschler mit Markus Frohnmaier einen Vertreter des radikalen Flügels zum Bundesvorsitzenden. Die vorherigen Vorsitzenden hatten insgesamt moderatere Positionen vertreten. Erst nachdem die radikalere Strömung um Frauke Petry im Juli 2015 die Führung der AfD übernahm, wurde die JA im November 2015 als offizielle Jugendorganisation anerkannt.
Die JA begriff sich als ideologischer Motor der Mutterpartei und nahm programmatische Positionen ein, die sich erst später in der AfD durchsetzten. So forderte sie auf ihrem Bundeskongress im Februar 2014 die Auflösung der Europäischen Union — sieben Jahre vor der AfD. Dieses Selbstverständnis artikulierte Tomasz Froelich im Jahr 2022 in seiner damaligen Funktion als stellvertretender Bundesvorsitzender der JA:
Die Junge Alternative entwickelt sich immer mehr zum programmatischen Motor der Partei. In der Vergangenheit preschte sie oft mutig vor und die AfD adaptierte später ihre Positionen.
