Die Radikalität der JA stellte die AfD wiederholt vor Probleme. Bereits im Februar 2015 versuchte der damalige Parteichef Lucke, die JA aufgrund ihrer Ausrichtung aufzulösen und neu zu gründen. Nach dem Bundeskongress in Seebach im Juni 2018, bei dem es zu „Abschiebe”-Rufen gegen ein Mitglied mit Migrationsgeschichte kam und die Teilnehmenden die erste Strophe des „Liedes der Deutschen” sangen, musste die JA-Führung sich vor dem AfD-Bundesvorstand verantworten. Die radikale Ausrichtung der JA erhöhte für die AfD das Risiko einer Beobachtung durch das Bundesamt für Verfassungsschutz, was unter anderem Legitimitätsverluste nach sich ziehen konnte. Der damalige Bundesvorsitzende Jörg Meuthen und andere erwogen 2018 sogar eine Trennung von der JA, konnten sich damit aber nicht durchsetzen. Im Mai 2024 beschrieb Table.Briefings die Situation wie folgt: „Die Junge Alternative schadet der Partei nicht nur durch Radikalität; teilweise empfindet die Parteiführung ihre eigene Jugend schlicht als peinlich und unterbelichtet.” Selbst langjährige Unterstützer der JA äußerten sich inzwischen kritisch und vertraten die Einschätzung, dass die Jugendorganisation der Partei eher schade als nutze.
