Im Januar 2025 beschloss der AfD-Parteitag in Riesa mit knapp 72 Prozent der Stimmen die Integration der bisherigen Jugendorganisation in die Partei. Die JA, die bis dahin als eigenständiger Verein weitgehend autonom agierte, sollte durch eine neue, direkt an die Partei angebundene Organisation ersetzt werden. Dieser Entscheidung ging die Einstufung der JA durch das Bundesamt für Verfassungsschutz im April 2023 als gesichert rechtsextremistische Bestrebung und die Bestätigung dieser Einstufung durch das Verwaltungsgericht Köln im Februar 2024 voraus.
Den Antrag zur Reform der JA brachten der Bundesvorstand, neun Landesverbände (Baden-Württemberg, Berlin, Brandenburg, Hamburg, Hessen, Mecklenburg-Vorpommern, Niedersachsen, Nordrhein-Westfalen, Rheinland-Pfalz) sowie nach Aussage von Hannes Gnauck alle JA-Bundesvorsitzenden der letzten zehn Jahre ein. Ziel des Vorhabens war es, eine „professionelle, gut strukturierte, disziplinierte, gut finanzierte, schlagkräftige und repräsentative Jugendorganisation auf den Weg” zu bringen, so Gnauck. Am 1. Februar 2025 besiegelte der Bundeskongress der JA in Apolda das Ende des Vereins zum 31. März 2025.
Ein zentrales Argument der Parteiführung für die Reform war der Schutz vor einem möglichen Vereinsverbot, das durch das Parteienprivileg erschwert wird. Zudem betonte die Führung, dass die Mutterpartei so ihre Kontrollmöglichkeiten ausweiten könne. Als unselbstständiger Teil der Partei müssen nach § 17a Abs. 4 AfD-Bundessatzung künftig alle Mitglieder der neuen Jugendorganisation auch Parteimitglieder sein, wodurch alle offiziellen Parteiregeln auch für die Parteijugend gelten und Ordnungsmaßnahmen greifen (§ 17a Abs. 5). Bundesvorstandsmitglied Dennis Hohloch argumentierte auf dem Parteitag in Riesa, eine professionelle Partei benötige „Sicherheit, dass Personen, die sich innerhalb dieser Jugendorganisation bewegen und Politik machen, kein Schindluder mit unserer Partei treiben”, weshalb die Integration in die Partei und die Unterstellung unter deren Schiedsgerichtsbarkeit notwendig seien. Auch die Bundessprecherin Alice Weidel verwies auf bessere Möglichkeiten, disziplinarisch durchzugreifen.
Die Reform stieß auch auf erheblichen Widerstand, insbesondere aus den Landesverbänden Bayern, Brandenburg, Thüringen und Nordrhein-Westfalen sowie von Funktionär*innen wie den stellvertretenden Bundesvorsitzenden der JA Sven Kachelmann und Nils Hartwig, der Brandenburger Landesvorsitzenden der JA Anna Leisten und dem Thüringer Landesvorsitzenden der JA Eric Engelhardt. Sie kritisierten das Vorhaben unter anderem als „Vernichtung der Jungen Alternative” und warnten vor einer Umwandlung zum „Schoßhund” der Mutterpartei. Dieser Widerstand schien jedoch auf dem Gründungskongress in Riesa weitestgehend überwunden.